La Campagne en Ligne se compose de deux intrigues distinctes mais connexes : l'une se déroule à l'époque des séries originales (débutant au milieu de l’année 2269) et l'autre à l'époque de Next Generation (débutant au milieu de 2371). Les missions de la série originale suivent l'USS-Lexington, un vaisseau de classe Constitution qui explore les limites les plus éloignées du quadrant bêta en 2269. Les missions Next Generation peuvent être jouées en utilisant l'un des 3 vaisseaux canoniques pré-générés disponibles, l'USS-Venture, l'USS-Thunderchild, ou l'USS-Bellerophon ; ou peuvent être jouées en utilisant un vaisseau créé par les joueurs. Chaque partie se compose de plusieurs aventures jouables séquentiellement ou individuellement en fonction des désirs d'un maître de jeu et de ses joueurs.

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